Добрый день!
Цитата: Организация для проведения ремонтных работ самостоятельно приобретает материалы и запчасти, стоимость которых не входит в сумму контракта, Заказчик оплачивает дополнительно.
Это предусмотрено в контракте?
Цитата: Как оформить документально возмещение затрат за материалы.
Это зависит от того, что написано в контракте.
Варианты:
1) в отношении материалов и исполнителя посренические функции, т.е. он закупает их от своего имени, но за счет заказчика: заказчик представляет Отчет о закпуке с приложением документов по этой закупке, заказчик оплачивает;
2) материалы подрядчик закупает от своего имени и за свой чет и перевыставляет документы от своего имени заказчику, тот компенсирует расходы;
3) материалы подрядчик закупает от своего имени и за свой чет и выходит с предложением к заказчику об увеличении стоимости работ на стоимость купленных материалов (с налогами и, возможно, с наценкой), стороны подписываают допсоглашение с увеличенной стоимостью работ.
Так что, сначала смотрите, что у вас написано в контракте.
Успехов!